Nach der Zerstörung im 30jährigen Krieg ließ Abt Innozent Moser (1660-1696) das Kloster durch den Architekten Domico Christofero zu Calli wieder aufbauen; Abt Maurus III. Wimmer (1752-1773) begann den Neubau von Grund auf. Die Abtei wurde 1803 säkularisiert. Weite Teile des ehemaligen Klosters werden heute als Zweigmuseum des bayerischen Nationalmuseums genutzt. Die ehemalige Klosterkirche St. Matthäus ist hinsichtlich ihrer Architektur und Innenausstattung wohl eine der vornehmsten Kunstbauten Niederbayerns. Die heutige Kirche wurde 1787 fertiggestellt. Ihr Ursprung geht bis auf 1127 zurück. Bei der Planung der erneuerten Klosterkirche im Jahre 1770 hatte sich der damalige Abt mit Francois des Cuvillés d.J. sicher für einen der besten Baumeister seiner Zeit entschieden. Bei den Ausführungen des Asbacher Baues wirkte Martin Desch aus Pfarrkirchen mit; Es handelt sich um eine tonnengewölbte Wandpfeilerkirche, deren Langhaus- und Chorraumdecke drei Fresken des österreichischen Malers Josef Schöpf schmücken. Stilistisch ist die Asbacher Kirche in ihrer Ausstattung im Übergang vom Rokoko zum Klassizismus einzuordnen. Nicht umsonst ist sie diejenige Klosterkirche innerhalb des Klosterwinkels, die als letzte vor der Säkularisation umgebaut wurde. Die Kirche zeigt deutlich das zukünftige Streben nach Vereinfachung, nach schlichter Eleganz und klarer Linienführung. Besonders qualitätvolle Bildhauerwerke, wie z.B. die Schnitzfiguren der Altäre, werden Josef Deutschmann und seiner Werkstatt zugeschrieben. Eine weitere bedeutende Künstlerhand, die des Niederösterreichers Martin Johann Schmidt, bereichert die Innenausstattung der Kirche. Das Seitenaltarblatt mit der Darstellung Bischofs Otto von Bamberg rechts vom Eingang zeigt seine Signatur.